Sungai Muda merupakan sumber utama air mentah bagi negeri Kedah, Pulau Pinang dan juga kawasan selatan negeri Perlis. Ia membekalkan sekitar 80% daripada keseluruhan bekalan air di Pulau Pinang.[2] Air sungai ini mengalir ke Sungai Dua sebelum dipam ke seluruh negeri Pulau Pinang.

Di Kedah sungai ini amat penting terutamanya setelah sebuah empangan dibina di punca sungai ini sekitar Hulu Muda di bawah Rancangan Pengairan Muda yang dilancarkan semasa Rancangan Malaysia Kedua. Rancangan pengairan ini bertanggungjawab membekalkan air secukupnya kepada petani-petani di sekitar kawasan ini yang dikenali sebagai jelapang padi negara. Kawasan penanaman padi sekitar Sungai Muda membekalkan kira-kira sejuta tan metrik beras pada setiap tahun atau 40% daripada keperluan beras Malaysia. Rancangan pengairan ini membolehkan penanaman padi dwimusim diamalkan dengan membekalkan air secukupnya ketika musim kemarau.[2] Sungai Muda juga bertemu dengan Sungai Beris di lembah Sungai Beris yang sempit.[3]